锦衣卫指挥使司
明初的军制比较简单，其基层单位是“卫”和“所”，每卫辖正规军士约5,610人，其下设所，分为千户所和百户所，京城的禁卫军所辖卫所为48处。到洪武十五年，朱元璋决定改革禁卫军，建立了十二个亲军卫，其中最重要的就是“锦衣卫”。在锦衣卫组织当中，皇帝为直接的管理者。
品秩
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锦衣卫掌卫事：仅设一人或两人同掌卫事，多以左右都督（正一品）[3]、都督同知（从一品）[4]、都督佥事（正二品）、都指挥使（正二品）[5]、都指挥佥事（从二品）[6]等一二品勋臣充任。
指挥使：正三品，名义上的锦衣卫长官，明代许多勋臣后代被授予该官职，实际上是不管事的虚衔，并且可以同时有多人领有该衔。[7]
指挥同知：从三品，设置二人，辅佐掌卫事。
指挥佥事：正四品。
南、北镇抚司镇抚使：从四品，各设置一人。
锦衣卫经历司经常涉及机密文件，因此由本卫最高领导直管。经历司长官叫作经历，品衔从七品。设办事的令史6人，正九品；典吏17人，从九品；仓攒典1人，从九品。
锦衣卫的东司房和西司房：成化设立。其中东司房缉事；西司房捕盗，五城兵马司的提督权从兵部转给了锦衣卫指挥佥事提督。后来魏忠贤给锦衣卫西司房单铸一颗关防大印，可跳过锦衣卫指挥使司直接汇报司礼监
千户：正五品，设置十四人。
副千户：从五品。
百户：正六品。
试百户：从六品。
总旗：正七品。
小旗：从七品。
力士：普通军士。
校尉：普通军士。
机构业务
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其中北镇抚司任务是“专理诏狱”，之后于明宪宗成化元年（1465年）增铸北镇抚司印信，一切刑狱专呈皇帝，毋需通过指挥使转达，而锦衣卫官员中不掌诏狱者亦不得干预其事。著名代表诏狱案件为：明初大将军蓝玉谋反案及明末首辅周延儒案，均为锦衣卫侦破立功。
“三法司”（即刑部、都察院与大理寺）无权干涉锦衣卫所处理的案件。通常锦衣卫在逮捕嫌犯之前，需由刑科给事中签批“驾帖”才可行事，作用相当于现代的逮捕令（非指“腰牌（识别证）”）。早期加入锦衣卫都会经过严格地审查和考核，要求良民，无犯罪纪录，后经过训练与挑选最终决定。后期若有锦衣卫逝世，他的亲属，如儿子，可成为其替补，若无儿则会于民间选择合条件的人作为代替，故锦衣卫中不会出现职位有空缺的情况。
《万历野获编》卷21《驾帖之伪》：“祖制：锦衣卫拿人，有驾帖发下，须从刑科批定，方敢行事，若科中遏止，即主上亦无如之何。如正统王振、成化汪直，二竖用事，时缇骑偏天下，然不敢违此制也。”锦衣卫“驾帖”拿人必须经过刑科给事中“佥签”。
《明世宗实录》嘉靖元年十二月辛丑：“旧例，厂卫赍驾帖提人，必由刑科佥批”，也就是厂卫拿人必须由言官给事中行封驳，万历朝，因神宗“怠政”，天下官员有缺不补，以至驾帖发出，因刑科无官没法“佥签”。而刑科无人“佥签”，锦衣卫亦不敢率尔抓人，锦衣卫官校持签印完整的驾帖，至刑科“佥签”时，还必须持有奏章的原件以备勘合，驾帖拿人，初期仅仅限于京城左近，弘治、正德年间，缇骑开始至外地拿人，但需要各衙门会签以防假冒。
《殊域周咨录》卷9《云南百夷附》：“臣闻驾帖下各衙门则用司礼监印信，该科挂号皇城各门俱打照出关防，皆所以禁诈伪也。”驾帖拿人，定制拿一人奉一帖，不允许一帖拿多人，根据明制，奉驾帖拿人是锦衣卫的正差，本与内侍无关，而天启朝至有宦官提驾帖直接拿人，遭遇反抗的事情：梁本《明熹皇帝录》天启四年六月乙巳：“刑科给事傅櫆奏：佥驾帖原有常规，增差内官，大违明制。万燝被殴，林汝翥不过畏内珰之凶锋，恐不得以正命死耳。内官百十成群执之，亏损圣德莫此为甚。上命今后驾帖如旧。”而明熹宗天启朝时魏忠贤掌权不过八年，却让人以偏盖全认为明一代276年锦衣卫都为如此。
他们直接听命于皇帝，可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行不公开的审讯。也有参与收集军情、策反敌将的工作。
锦衣旧例有功赏，惟缉不轨者当之。其后冒滥无纪，所报百无一实。吏民重困，而厂卫题请辄从。三法司视成案，有所出入轻重，俱视中官意，不敢忤也。有部分人为得赏赐制造冤案，如刘学孟案[8]武长春案[9]，凌迟灭族平民。